制藥工程系是學校整合制藥工程專業(yè)等相關資源組建而成�，F(xiàn)擁有制藥工程本科專業(yè)、生物化工碩士授權點、生物質化學化工博士授權點以及制藥工程領域工程碩士授權資格。其中制藥工程專業(yè)是1997年與安徽中醫(yī)學院合辦的專業(yè)，為國內(nèi)最早一批招收本科制藥工程專業(yè)的高校，2003年在兩校資源共享的基礎上，實現(xiàn)獨立招生，經(jīng)過10多年的建設，本專業(yè)已成為合肥工業(yè)大學的教改示范專業(yè)、優(yōu)勢專業(yè)和校級特色專業(yè)，并于2009年被列為國家級特色專業(yè)。制藥工程系現(xiàn)已為國家培養(yǎng)并向社會輸送本科生和研究生800？余人，在讀本科生和研究生近400？人。
　　制藥工程系現(xiàn)有專職教師12人，其中教授2人，副教授5人，碩士生導師7人，所有授課教師均具有碩士以上學位，其中已獲博士學位7人，在職攻讀博士學位3人。這些教師分別擁有醫(yī)學、藥學、化學、制藥工程、生物化工等專業(yè)教育背景，部分教師同時具有工業(yè)界一線工作經(jīng)歷。教師隊伍先后承擔了多項教學研究課題，取得了國家級教學成果二等獎1項、省級教學成果二等獎1項和國家級質量工程項目2項，完成數(shù)十項國家級、省部級科研課題以及企業(yè)委托科研項目。另還配備了專門的實驗與教學設備，建有校內(nèi)外實習教學基地10余家，具有較完備的專業(yè)實踐教學與科研實驗平臺條件。